Das Steuerrecht lässt für eine ganze Reihe von Leistungen die Pauschalierung der Lohnsteuer zu, zum Beispiel für Teilzeitbeschäftigte und Mini-Jobber, aber auch für unentgeltliche oder verbilligte Mahlzeiten, bestimmte Zukunftssicherungsleistungen und viele andere Fälle. Wendet der Arbeitgeber die Lohnsteuerpauschalierung an, kann er bei der Erhebung der Kirchensteuer zwischen einem vereinfachten Verfahren und einem Nachweisverfahren wählen.

Diese Wahl kann der Arbeitgeber sowohl für jeden Lohnsteuer-Anmeldungszeitraum als auch für die jeweils angewandte Pauschalierungsvorschrift und darüber hinaus für die in den einzelnen Rechtsvorschriften aufgeführten Pauschalierungstatbestände unterschiedlich treffen. Entscheidet sich der Arbeitgeber für diese Vereinfachungsregelung, muss er für sämtliche Arbeitnehmer Kirchensteuer zuzüglich zur jeweils pauschalierten Lohnsteuer abführen. Dabei gilt aber ein ermäßigter Steuersatz für die pauschale Kirchensteuer, der dem Umstand Rechnung trägt, dass nicht alle Arbeitnehmer Angehörige einer steuererhebenden Religionsgemeinschaft sind.

Alternativ kann der Arbeitgeber natürlich die Kirchensteuer für jeden Arbeitnehmer individuell berechnen. Für Arbeitnehmer, die keiner steuererhebenden Religionsgemeinschaft angehören, fällt dann auch keine Kirchensteuer an, während für die übrigen Arbeitnehmer der allgemeine Kirchensteuersatz gilt. Der Arbeitgeber muss in diesem Fall aber nachweisen können, dass ein Arbeitnehmer, für den keine Kirchensteuer abgeführt wurde, auch nicht kirchensteuerpflichtig ist.

Als Nachweis für die Nichtzugehörigkeit zu einer steuererhebenden Religionsgemeinschaft dienen in der Regel die vom Arbeitgeber abgerufenen elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmale (ELStAM) oder ein Vermerk des Arbeitgebers, dass der Arbeitnehmer den Nachweis mit der vom Finanzamt ersatzweise ausgestellten Bescheinigung für den Lohnsteuerabzug erbracht hat. Liegen dem Arbeitgeber diese amtlichen Nachweise nicht vor, ist zumindest eine schriftliche Erklärung des Arbeitnehmers erforderlich, die dem Muster der Finanzverwaltung entspricht. Den Nachweis über die fehlende Kirchensteuerpflicht des Arbeitnehmers muss der Arbeitgeber als Beleg zum Lohnkonto aufbewahren.

Die auf die kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmer entfallende pauschale Lohnsteuer ist anhand der in den Lohnkonten aufzuzeichnenden Religionszugehörigkeit zu ermitteln. Kann der Arbeitgeber die auf den einzelnen Arbeitnehmer entfallende pauschale Lohnsteuer nicht ermitteln, darf er auch die gesamte pauschale Lohnsteuer im Verhältnis der kirchensteuerpflichtigen zu den nicht kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmern aufteilen. Der auf die kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmer entfallende Anteil ist dann Bemessungsgrundlage für die Anwendung des allgemeinen Kirchensteuersatzes. Die so ermittelte Kirchensteuer ist schließlich noch im Verhältnis der Konfessions- bzw. Religionszugehörigkeit der kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmer aufzuteilen.